La sección El CIISB proporciona enlaces directos a información acerca del CIISB, su desarrollo y manejo, gestión, temas destacados y políticas.

La sección El Protocolo proporciona enlaces al texto del Protocolo, a una lista de países Parte del Protocolo, a las Decisiones de la CP-RP y a información acerca de informes oficiales, reuniones, documentos y notificaciones.

La sección Buscar información proporciona enlaces a páginas de búsqueda para las distintas categorías de información en las bases de datos del CIISB, así como información compilada (Contactos Nacionales, Registro de OVM, Registro de Organismos y Registro de Genes).

La entrada Registrar información en el menú es un enlace a la página de ingreso al Centro de Gestión. A través de ésta, los usuarios del CIISB pueden crear y gestionar su información.

La sección Recursos proporciona acceso a otros recursos del sitio tales como  (i) formatos comunes usados en el CIISB, (ii) una página que describe las soluciones para la Participación nacional (Hermes y el Plug-in Ajax), (iii) el sitio de entrenamiento del CIISB, (iv) el  Glosario, (v) el Tesauro, (vi) el mapa del sitio, (vii) una lista de archivos para descargar, (viii) Foros y Portales en línea, (ix) Servicios de interoperabilidad y (x) la lista de distribución de correo.

La sección Ayuda proporciona acceso a la página principal del Sistema de Ayuda en línea del CIISB y a algunas secciones específicas de éste, a saber: (i) Ayuda sobre la ayuda,  (ii) Portal Central del CIISB, (iii) Manuales completos de la ayuda del CIISB, (iv) materiales de entrenamiento, además de recursos de entrenamiento adicionales que se encuentran directamente en el CIISB: (v) tutoriales del CIISB y (vi) Preguntas Frecuentes. 

En la parte derecha de la barra de navegación se encuentra un cuadro de búsqueda para localizar los perfiles de Países. El mismo permite realizar una búsqueda rápida para consultar todos los registros suministrados por cada país.

Los menús del Portal Central del CIISB usan íconos para ilustrar aspectos de los enlaces asociados. Los íconos de menú que más comúnmente se encuentran son:

 El enlace lleva al usuario a otra página web

 Enlace a un documento PDF

 El enlace lleva al usuario a una página en otra sección del CIISB.

En la Guía de Referencia Rápida 4 se proporcionan mayores detalles sobre los íconos más utilizados en el Portal Central del CIISB.