Corresponde a SEMARNAT, entre otras funciones:                        
- Participar en la formulación y aplicación de la política general de bioseguridad;                        
- Analizar y evaluar, caso por caso, los posibles riesgos de los OGM para el medio ambiente y la diversidad biológica;                        
- Resolver y expedir permisos de liberación al ambiente, así como establecer y dar seguimiento a sus condiciones y medidas;                        
- Monitorear los posibles efectos de liberaciones permitidas o accidentales;                        
- Participar en la elaboración de las listas previstas en la Ley;                        
- Suspender permisos cuando exista información científica y técnica que indique riesgos superiores a los previstos;                        
- Ordenar y aplicar medidas de seguridad o de aplicación urgente, con base científica y técnica y bajo el enfoque de precaución;                        
- Inspeccionar y vigilar el cumplimiento de la legislación aplicable, e                        
- Imponer las sanciones administrativas correspondientes.                        

De conformidad con los artículos 11, 12 y 15 de la Ley de Bioseguridad de Organismos Genéticamente Modificados (LBOGM), la SEMARNAT ejerce atribuciones en materia de bioseguridad respecto de los OGM que no sean competencia de SADER (organismos con fines productivos agrícolas, pecuarios, acuícolas o fitozoosanitarios), que son los OGM relacionados principalmente con:                        
- especies agrícolas y semillas;                        
- especies ganaderas;                        
- insumos fitozoosanitarios y de nutrición animal y vegetal;                        
- especies pesqueras y acuícolas;                        
- OGM utilizados para inmunización animal; y                        
- hongos, bacterias, protozoarios, virus y otros microorganismos                         

La LBOGM distribuye la competencia sobre OGM entre SEMARNAT y SADER según el tipo de organismo y su finalidad; Sin embargo, aun cuando el OGM sea competencia de SADER, SEMARNAT (conforme al artículo 15 LBOGM), mantiene atribuciones específicas para la protección del medio ambiente y la diversidad biológica, incluida la emisión de un dictamen de bioseguridad vinculante previo al otorgamiento del permiso por SADER para las liberaciones al ambiente.