La mise en place et le maintien du CEPRB est un processus continu. Pour compléter et mettre en œuvre L’article 20 du Protocole de Cartagena, la COP-MOP a adopté une décision  concernant les modalités de fonctionnement du CEPRB c'est-à-dire comment il fonctionnera.

Pour participer pleinement au CEPRB, les gouvernements doivent établir des lignes de communication et d'échange d'informations pour s'assurer que les informations sont mises à disposition par le biais du CEPRB en temps opportun et de manière appropriée. Pour aider les  Parties à le faire, certains principes de base du fonctionnement du CEPRB, tels qu'établis par la COP-MOP, sont brièvement exposés ici.

Le développement du CEPRB doit être guidé par les principes d'inclusivité, de transparence et d'équité, et doit être ouvert à tous les gouvernements.

Une Partie doit nommer un  correspondant national pour le CEPRB  dont les responsabilités incluent :

• l’autorisation de publication des informations enregistrées dans le CEPRB, y compris la validation des enregistrements nationaux créés par les utilisateurs autorisés avant la publication.
• la liaison avec le Secrétariat concernant les aspects techniques de la participation nationale au CEPRB.
• La liaison avec le Secrétariat concernant les questions pertinentes pour le développement et la mise en œuvre du CEPRB.

Compte tenu du rôle central du CEPRB dans le fonctionnement du Protocole, la disponibilité, l'exactitude et l'accessibilité des informations pertinentes par le biais du CEPRB sont cruciales.

Cela signifie que le rôle du point focal national du CEPRB est d'assurer la qualité, l'exactitude et l'exhaustivité des informations relatives à son pays qui sont mises à disposition par le biais du CEPRB. Pour faciliter ce processus, la plupart des pays mettront en place des procédures de gestion locales pour s'assurer que les fournisseurs d'informations ont vérifié que leurs informations sont correctes et complètes avant de les fournir au correspondant national du CEPRB.

Tous les correspondants du CEPRB peuvent s'abonner pour recevoir des notifications automatiques par courriel avec des mises à jour sur les nouvelles informations qui ont été ajoutées au CEPRB. 

Dans certains cas, les  CN-CEPRB  peuvent souhaiter déléguer tout ou partie des responsabilités de soumission des informations dans le CEPRB aux  utilisateurs nationaux autorisés (UNA).. Les UNA peuvent créer et gérer des projets d'enregistrements dans des catégories désignées d'informations nationales (en fonction du rôle qui leur est attribué). Cependant, tous les nouveaux enregistrements créés par les UNA, ainsi que toutes les modifications qu'ils apportent aux enregistrements existants, sont soumis à la validation  du CN-CEPRB qui est le seul utilisateur autorisé à publier les enregistrements nationaux. 

Le CEPRB contient des informations qui doivent être fournies par les Parties au Protocole, telles que les décisions sur la libération ou l'importation d'OVM, les évaluations de risques, les autorités nationales compétentes et les lois nationales. Cependant, les gouvernements qui ne sont pas Parties au Protocole sont également encouragés à fournir des informations au CEPRB. En fait, un grand nombre des décisions actuellement au CEPRB ont été enregistrées par des non-Parties. Les informations enregistrées dans le CEPRB sont librement accessibles aux Parties et aux non-Parties afin de les aider à atteindre les objectifs du Protocole. Les non-parties sont éligibles pour les comptes d'utilisateurs CEPRB avec les mêmes privilèges d'inscription que les parties. Ils doivent également informer le Secrétariat de leurs correspondants nationaux CEPRB.