La creación y el mantenimiento del CIISB es un proceso permanente. A fin de complementar y aplicar el artículo 20 del Protocolo de Cartagena, la COP-MOP aprobó una decisión  relativa a las modalidades de funcionamiento del CIISB, es decir, su modo de funcionamiento.

Para participar por completo en el CIISB los gobiernos deben establecer líneas de comunicación e intercambio de información a fin de garantizar que la información esté disponible en el CIISB de manera oportuna y apropiada. A fin de  asistir a las Partes en esta cuestión, aquí se presentan brevemente algunos principios básicos del funcionamiento del CIISB.

El CIISB está orientado por los principios de inclusividad, transparencia y equidad, y está abierto a todos los gobiernos.

Una Parte debe designar un  punto focal nacional para el CIISB (CIISB-PFN) , cuyas responsabilidades son:

• Autorización para publicar la información registrada en el CIISB, incluida la validación de los registros nacionales creados por los usuarios autorizados antes de su publicación.
• Enlace con la Secretaría en relación con los aspectos técnicos de la participación del país en el CIISB.
• Enlace con la Secretaría en relación con las cuestiones pertinentes para el desarrollo y la aplicación del CIISB.

Dado el papel fundamental del CIISB en las operaciones del Protocolo, es crucial que la información pertinente que se presente por su intermedio esté disponible, sea precisa y pueda accederse a ella.

Esto significa que la función del Punto focal nacional en el CIISB consiste en garantizar la calidad, precisión y completitud de la información relacionada con su país que se presenta por intermedio del CIISB. A fin de prestar asistencia en este proceso, la mayoría de los países instaurará procedimientos de gestión para garantizar que los encargados de aportar información hayan verificado que esta sea correcta y esté completa antes de entregarla al punto focal en el CIISB.

Todos los puntos focales en el CIISB pueden suscribirse para recibir notificaciones automáticas por correo electrónico con actualizaciones o nueva información que se haya agregado al CIISB. 

En algunas instancias, los  CIISB-PFN  tal vez deseen delegar alguna o todas las responsabilidades en materia de presentación de información en los  Usuarios nacionales autorizados en el CIISB. Los usuarios nacionales autorizados pueden crear y gestionar registros borrador en las categorías designadas de información nacional (según cuál sea la función que se les haya asignado). No obstante, todos los registros nuevos creados por los usuarios nacionales autorizados, así como toda notificación que realicen relacionada con registros existentes, están sujetos a la  validación  a cargo del CIISB-PFN, que es el único usuario autorizado a publicar registros nacionales. 

En el CIISB se encuentra la información que deben proporcionar las Partes en el Protocolo, como decisiones sobre liberación o importación de OVM, evaluaciones del riesgo, autoridades nacionales competentes y legislación de los países. Sin embargo, también se alienta a los gobiernos que no son Partes en el Protocolo a que contribuyan con información, incluyéndola en el CIISB. De hecho, gran parte de las decisiones que figuran en el CIISB actualmente fueron proporcionadas por países que no son Partes. El acceso a la información registrada en el CIISB es libre tanto para las Partes como para los países que no son Partes a fin de prestarles asistencia y contribuir al logro de los objetivos del Protocolo. Los países que no son Partes son elegibles para acceder a cuentas de usuarios en el CIISB mediante el mismo sistema de registro que las Partes. También deberían notificar a la Secretaría acerca de sus puntos focales nacionales en el CIISB.