Aunque el Convenio sobre Diversidad Biológica ya existía desde 1994, y el reglamento de la Ley de Protección Fitosanitaria que se requiere mejorar, entró en vigencia en 1998, no fue hasta el año 2006, que se aprueba el Protocolo de Cartagena sobre Seguridad de la Biotecnología, donde se incorporan cambios que hacen que el decreto de 1998 quede desactualizado y sujeto a interpretaciones subjetivas. Adicionalmente, el avance de la ciencia y la tecnología, ha permitido realizar modificaciones que no necesariamente llevan a la producción de OVM, sino modificaciones puntuales en el genoma para el desarrollo de organismos mejorados mediante nuevas técnicas (mejoramiento de precisión, biotecnología de precisión, edición del genoma o técnicas modernas de mejoramiento genético), que utilizan innovadoras herramientas de biología molecular y enfoques que difieren de la estrategia de la ingeniería genética basada en la inserción estable en el genoma de ADN recombinante. La reforma busca ajustar el Reglamento a la Ley de Protección Fitosanitaria a estos avances, al Protocolo de Cartagena sobre Seguridad de la Biotecnología y a la estructura actual del SFE, a la vez que se aclaran y mejoran los procesos realizados para regular los organismos vivos modificados utilizados en la agricultura, para brindar respaldo jurídico que evite la interpretación subjetiva del reglamento en estos trámites. Así mismo, permite regular las actividades relacionadas con las nuevas técnicas de mejoramiento de precisión, incluida la edición del genoma.