Atelier sur la détection et l’identification des OVM pour l’Afrique francophone

À tous les participants du groupe,

Bienvenue aux échanges en ligne de l’atelier sur la détection et l’identification des organismes vivants modifiés pour l’Afrique francophone. Ces échanges ont pour but de donner aux participants l’occasion de se présenter et de préciser leurs antécédents et leur expérience en matière de détection et d’identification des organismes vivants modifiés, notamment :

a. Envergure actuelle des activités en laboratoire;
b. Expérience relative aux techniques d’ADN (p. ex., extraction, ACP);
c. Expérience en détection et en identification des organismes vivants modifiés;
d. Attentes à l’égard de l’atelier et utilité de l’atelier pour vous.

Les participants sont invités à poser toutes les questions qu’ils souhaitent sur tout sujet abordé au cours de l’atelier, précisé dans l’ordre du jour annoté et l’ordre du jour provisoire.

Dans l’attente d’échanges fructueux, je vous prie d’agréer mes salutations distinguées.
Dina

**Note technique au sujet de l’affichage et de la réception de messages**

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Chers collègues,

Je suis Freddy BULUBULU OTONO de la République Démocratique du Congo, je suis MSc Biologie moléculaire et actuellement Thésard en Biologie moléculaire, Chercheur au service de Génétique & Biologie moléculaires, Département de Biotechnologie au Centre Régional d’Etudes Nucléaires de Kinshasa/Commissariat Général à l’Energie Atomique.
Je suis heureux de faire votre connaissance.
a. Envergure actuelle des activités en laboratoire
Les activités réalisées jusque là au labo de Biotechnologie et Biologie moléculaire portent essentiellement sur l’amélioration génétiques des plantes alimentaires (manioc, maïs, soja, etc.) et médicinales par les techniques de mutations radio-induites et de Biotechnologie (culture in vitro des tissus, techniques moléculaires). Concernant le module moléculaire, nous procédons à:
- Extraction d’ADN des plantes, Electrophorèse, PCR conventionnelle ;
- Détection PCR de virus de la mosaïque africaine de manioc ;
- Utilisation des marqueurs moléculaires (SSR) ;
- Extraction de l’ADN des bactéries du sol (Rhizobium, rhizobactéries du maïs),…
Depuis 2017, notre labo de Biologie moléculaire a été désigné comme labo de référence en RDC pour la détection des OGMs. Il est actuellement en plein aménagement pour une orientation spatiale appropriée.

b. Expérience relative aux techniques d’ADN (p. ex., extraction, ACP)
J’ai une expérience sur différents protocoles d’extraction d’ADN des plantes.
c. Expérience en détection et en identification des organismes vivants modifiés;
Pas grande expérience sur la détection et l’identification d’OGMs au labo excepté quelques manipulations didactiques et la participation aux ateliers et forums sur la détection et l’identification des OGMs.

d. Attentes à l’égard de l’atelier et utilité de l’atelier pour moi.
Cet atelier va me permettre de renforcer mes compétences sur :
- Les procédures d’échantillonnage
- L’utilisation de matériels de référence
- La méthodologie et les manipulations au labo sur l’identification et la quantification d’OGM
- L’interprétation des résultats.
- Les changes d’informations et d’expériences entre différents labos au niveau régional.
Cordialement,

Freddy Bulubulu

AFFICHÉ AU NOM DE CHARLOTTE ADJE:
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Bonjour à tous
Moi, c'est Charlotte ADJE du Bénin, associée de recherche au laboratoire de Génétique, Horticulture et Science des Semences (GBioS de la Faculté des Sciences Agronomique de L'Université d'Abomey Calavi.
a- Notre laboratoire est assez jeune et ne manipule réellement pas encore l'ADN. Mais nous avons bénificier récemment de l'assistance de Seeding Lab qui va équiper notre laboratoire entièrement des nouveaux équipement de Biologie Moléculaire et de Culture in vitro.
b-- J'ai été un moment été assistante de recherche au Laboratoire d'analyse génomique et de génotypage moléculaire ou j'ai eu à participer à diverses activités pour analyser la diversité génétique des espèces végétales en utilisant les marqueurs microsatellites. J'ai eu a utiliser des protocoles MATAB et CETAB pour l'extraction de l'ADN dans plusieurs espèces de plantes, faire des PCR et faire des révélations des produits electrophorétiques grâce au nitrate d'argent.

c- Pas d'expérience en détection d'OGM en utilisant les techniques moléculaires. Récemment, mon laboratoire (Laboratoire de génétique horticole et sciences des semences (GBioS)) a effectué en guise de travaux pratiques pour les étudiants des tests de détection d'OGM dans les échantillons de niébé et de coton par immunodétection grâce aux bandes STRIP-TEST utilisant trois protéines transgéniques ( CP-EPSPS, Cry1Ab / Ac et Bt-Cry2A).
d- De cette formation j'attend d'acquérir les diverses techniques et protocoles de fabrication et ensuite d'identification des OGM, partager les expériences des formateurs pour être mieux aguerrie ppour une manipulation efficiente des OGM.
Merci

AFFICHÉ AU NOM DE MONSIEUR DAMA:
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Je suis DAMA,   Biologiste de formation et je travail actuellement dans le cadre de l’administration  environnemental. Mes activités sont toujours basées sur l’appui technique aux décideurs. Dans le cadre de la mise en œuvre du protocole de Cartagena, je suis membre du Comité de coordonnassions des activités sur la gestion et le contrôle des OGM et OVM ici  chez nous, mais faute des moyens matériels nos résultats n’est pas encore satisfaisant. Beaucoup des lacunes  méritent  à être comblait.
a-Envergure actuelle des activités en laboratoire ;
Jusqu’à maintenant, Madagascar n’a pas encore  de laboratoire capable de détection et d’identifier l’OGMs.  La plupart des Laboratoires ici à Madagascar sont en cours de renforcement en matériels techniques. Voilà la raison pour laquelle nous choisissons deux laboratoires objet de renforcement en matériels ( Laboratoire de physiologie végétale de l’Université d’Antananarivo et le Laboratoire du Centre National  de Recherche pour l’Environnement CNRE) dans le but  d’avoir de laboratoire capable de détecter des OGMs/OVMs
En un mot, il n’y a pas de laboratoire capable de détecter des OGM/OVM à Madagascar.

b) Expérience relative aux techniques d’ADN :
Nos connaissances ou notre capacité actuellement sont des connaissances théoriques pas de pratique due à l’insuffisance voire l’absence de matériels ou de laboratoire de détection et d’analyse.
C) Expérience en détection et en identification des organismes vivants modifiés ; ma réponse est semblable à la  question b)
d) Mes attentes à cet atelier sont ;
- avoir des méthodes d’identification et de détection des OGM/OVM
- Utiliser et manipuler les matériels de détection des OGM/OVM (Méthode par PCR, ELISA….)
- capable de détecter et d’identifier les OGM
- Avoir des expériences sur le contrôle  de mouvement transfrontière et  de la gestion des OVM/OGM.

Mon nom est Tedihou Ekanao, je suis du Togo, et je suis au laboratoire de défense des cultures de biotechnologie et de biosécurité. Je suis Ingénieur Agronome de formation avec une thèse en phytopathologie et diverses formations en biologie moléculaire. Actuellement l’une des activités en biologie moléculaire de notre laboratoire concerne la détection des OGM. Mais la biologie moléculaire est aussi utilisée pour l'identification et la characterization de certains pathogènes surtout les virus (ACMC) et les bactéries (du riz).
En effet étant donné que notre pays n’autorise encore ni la production, ni l’exploitation et encore moins la commercialisation des OGM la fonction de notre labo est donc de détecter les OGM dans les semences, les produits agricoles ou dans les produits finis. Les décisions que cela implique ne sont pas de notre ressort. Nous avons eu la chance grâce au Programme Régional de Biosécurité implémenté par l’UEMOA (PRB-UEMOA) de faire un état des lieux des OGM au Togo entre 2015 et 2016 qui s’est révélé négatif car aucun OGM n’est cultivé au Togo.
En ce qui concerne les techniques utilisées elles sont assez simples. Pour ce qui est de l’extraction d’ADN nous utilisons divers protocoles selon la matrice. Pour la PCR que ce soit la qPCR ou la PCR conventionnelle nous ciblons généralement les promoteurs P35S, FMV ou le terminateur NOS.
Pour ce qui est de cet atelier, l’identification des OGM figure parmi nos attentes les plus pressantes. Mais plus globalement tous les aspects de l’extraction à la quantification et à l’identification sans parler de la pertinence d’utiliser telle ou telle autre méthode de détection nous permettrons de progresser sur cette voie de détection des OGM dans nos pays. Nous espérerons, si possible avoir aussi les conseils de spécialistes en maintenance des équipements comme les RTPCR.

Bien à tous,
Je suis Jean – Christian Amédée MANDJEKA, enseignant – chercheur à l’Université de Bangui en République Centrafricaine. Biochimiste – Nutritionniste, je travaille sur la caractérisation des protéines de chenilles comestibles en vue d’enrichir une bouillie infantile formulée à partir de diverses denrées locales.

a. Envergure actuelle des activités en laboratoire.

Les perturbations sociopolitiques ont impactées les activités de recherche du Laboratoire des Sciences Biologiques et Agronomiques pour le Développement (LaSBAD) consacrées à (i) la recherche de solution à la mosaïque africaine du manioc, (ii) l’amélioration de la fertilité des sols en faveur de la production du manioc, (iii) le criblage de la panachure jaune du riz (RYMV), (iv) la formulation d’une farine infantile à partir de denrées locales et (v) le contrôle de qualité de denrées alimentaires. Une reprise lente se fait et est basée essentiellement sur le contrôle de qualité des semences et denrées alimentaires pour le compte du Programme Alimentaire Mondial et les ONGs internationales (CICR, AcTED, etc.) intervenant sur le territoire et quelquefois pour le Gouvernement (Ministère du Commerce). Il s’agit des analyses de pH, d’Humidité, du Taux de germination, d’Indice de peroxydes, du Taux d’impuretés, etc.
Un volet de recherche qui reprend est celui de la multiplication de plants de manioc irradiés et la mise au champ afin de disposer de variétés saines vis-à-vis de la mosaïque africaine (Collaboration avec l’AIEA).

b. Expérience relative aux techniques d’ADN (p. ex., extraction, ACP).

Le LaSBAD réalise des extractions d’ADN de plantes. Ses capacités matérielles sont limitées sur les techniques d’ADN telles de l’ACP. Il peut toutefois solliciter l’Institut Pasteur de Bangui pour l’ACP (Une convention de collaboration existe). Des investissements sont en cours pour relancer les capacités matérielles et humaines du laboratoire.

c. Expérience en détection et en identification des organismes vivants modifiés.

Le LaSBAD n’a pas d’expérience dans ce domaine et devrait en acquérir à travers cette participation.

d. Attentes à l’égard de l’atelier et utilité de l’atelier pour vous.

Cet atelier vient à point nommé et devrait pouvoir contribuer à renforcer mes capacités et celles de mes collaborateurs du LaSBAD, vu que nous sommes de plus en plus sollicités pour toute expertise sur les denrées alimentaires dans le pays.
J’espère pouvoir devenir autonome sur les techniques d’ADN et les techniques de détection et d’identification des OVM.

À tous les participants du groupe.

En guise de suivi à mon message d’ouverture, j’aimerais vous rappeler que les échanges en ligne de l’atelier sur la détection et l’identification des organismes vivants modifiés se poursuivent. Ces échanges ont pour but de donner aux participants l’occasion de se présenter et de préciser leurs antécédents et leur expérience en matière de détection et d’identification des organismes vivants modifiés.

J’aimerais profiter de cette occasion pour me présenter au groupe. Je m’appelle Dina et je travaille au Secrétariat de la Convention sur la diversité biologique depuis près de six ans. Mon travail porte sur les aspects techniques et scientifiques du Protocole. Je suis diplômée en biochimie et j’ai travaillé dans un laboratoire d’identification judiciaire de la vie sauvage avant d’entrer au service du Secrétariat.

En attendant de faire votre connaissance la semaine prochaine lors de l’atelier, je vous prie d’agréer mes salutations distinguées.

Dina

Merci Dina pour ces précisions et la présentation.
À bientôt
Freddy Bulubulu

Bonjour à tous
Je suis Mohamed Elyes Kchouk, Tunisien, Professeur-Chercheur à la retraite. J'ai un Doctorat d'Etat es Sciences Biologiques (2000) obtenu à la Faculté des Sciences de Tunis, et mon sujet de thèse était la Transformation Génétique de l'artichaut (Cynara scolymus L.) dont une partie a été préparée à l'ENEA-Rome, Italie. Je suis actuellement membre du Comité National Technique de Biosécurité (CNTB), Tunisie, membre du Conseil Scientifique de la Banque Nationale des Gènes, et membre d'autres instances nationales. Je suis expert en Biosécurité et dirige actuellement en tant que Spécialiste Régional pour l'Afrique un Projet PNUE-FEM dans 10 pays francophones sur "le renforcement durable des capacités pour une participation effective au Centre d'Echange pour la Prévention des Risques Biotechnologiques (BCH)". J'espère d'ailleurs contacter mes amis à ce sujet lors de cet atelier.
Pour répondre aux questions proposées:
a. Envergure actuelle des activités en laboratoire:
Je n’ai pas d’activités de laboratoire à part le suivi du Groupe officiel de Labo sur les OGM en Tunisie.
b. Expérience relative aux techniques d’ADN (p. ex., extraction, ACP):
Les seules expériences que j’ai eu avec l’ADN (extraction, analyses) remontent à 1992-93 lors de la préparation de ma thèse; j'ai surtout travaillé la biolistique en utilisant le canon (le vrai) à particule à Naples avec le Pr. Edgardo Filippone; puis le PDS (Particule Delivery System) qui aujourd'hui est devenu monnaie courante!
c. Expérience en détection et en identification des organismes vivants modifiés:
Expérience plutôt théorique
d. Attentes à l’égard de l’atelier et utilité de l’atelier pour vous:
Je m’attends d’abord à un recyclage et un apprentissage théorique sur les techniques utilisées pour la détection d’OVM. Notamment aussi à apprendre comment on peut dénombrer le nombre d’inserts dans un OVM. Aussi, et dans le cadre de mon rôle dans la sensibilisation sur les OVM j'espère avoir les informations sur les difficultés potentielles en matière de détection. Ceci me permettrait d'assurer une meilleure vision d'ensemble sur les matériels de sensibilisation sur les OVMs.

Dr. KOUASSI K. Nazaire est chercheur en virologie moléculaire. Il a dirigé pendant 7 ans le Laboratoire Central de Biotechnologie du Centre National de Recherche Agronomique (LCB-CNRA de Côte d’Ivoire et pendant 5 ans le laboratoire National de Biosécurité de Côte d’Ivoire.  Il est actuellement, Directeur de Recherche à l’UFR Biosciences de l’Université Félix HOUPHOUET-BOIGNY et au programme WAVE-UFHB au pôle scientifique et d’innovation, Bingerville de l’Université Félix HOUPHOUËT-BOIGNY, Côte d’Ivoire. Il représente la Côte d’Ivoire au conseil des Gouverneurs de l’ICGEB (International Center for Genetic Engineering and Biotechnology) dont le siège est à Trieste, Italie. Il a eu l’occasion de réaliser le processus de création des OGM depuis les constructions génétiques, la transformation jusqu’à la détection des OGM en milieu réel au cours d'une étude Postdoctorale aux USA. Certifié de la première promotion de Biosécurité du RIBios, Bamako, il est un acteur principal dans l’implémentation du protocole de Cartagena en Côte d’Ivoire. Coordonnateur sous régional pour le compte de l’UEMOA du projet de formation en Biotechnologie qui incluait la détection et l’identification des OGM. Il a été chargé de réaliser l’état des lieux des OGM en Côte d’Ivoire. Actuellement il supervise deux laboratoires dont un laboratoire de Biologie Moléculaire qui utilise les techniques de PCR, qPCR, RCA et de clonage pour l’étude des virus infectant le manioc et un laboratoire de culture in vitro de manioc pour la sanitation et la micropropagation. Il continue de soutenir les activités du laboratoire National de Biosécurité de CI.

Même s’il est relativement aisé de détecter et d’identifier les OGM déjà sur le marché (insertion/retrait d’un gène ou fragment d’ADN), ceux en cours d’obtention ou qui sont les nouveaux venus sur le marché, produit grâce aux nouvelles technologies de mutation dirigée, seront plus laborieux. Il s’agit des modifications générées par les techniques d’édition génétique (Talen, Zinc Finger, CRISPR/Cas9). A ce propos, nos préoccupations et nos attentes au cours de cet atelier seront d’avoir des informations appropriées permettant de façon efficientes de les identifier et les quantifier. Comment donc attester de la présence de ce type modification dans les nouvelles variétés de type d’OGM. De même, nous souhaitons avoir les opinions des uns et des autres quant à la classification de ces derniers produits. En d’autres terme, sont-ils ou pas ou pas des OGM par définition selon le protocole de Cartagena sur la prévention des risques biotechnologiques relatif à la convention sur la diversité biologique.